总务部为学校直属二级单位，参照建制性党政机构管理，主要职能为：负责北京校区餐饮服务、卫生保健、安全保卫、工程修缮、物业管理、节能管理、校园园林绿化与保洁、接待服务等工作。总务部下设综合办公室、修缮管理处、昌平校园综合管理办公室、保卫处（部）、校医院等5个正处级内部机构，餐饮服务中心、物业管理中心、接待服务中心3个副处级内部机构。

综合办公室主要负责总务部整体工作规划，重要工作和重大活动协调，跨校园重点难点工作协调，重要会议保障与服务接待，重要活动新闻宣传，公文流转和信息报送，财务管理，信息化技术支持与保障，师生信访服务，以及总务长交办的其他工作。

修缮管理处主要负责北京校区各校园水电气暖等日常运维，校园节能工作，学校及二级单位房屋及设施修缮工程管理，校园违章建筑清理规范等工作。

昌平校园综合管理办公室主要负责北京校区昌平校园和育荣校园的综合管理、后勤保障、安全保卫等工作，履行协调、管理、服务职能；负责与属地部门的工作对接，保证园区正常运转；协助有关部门开展昌平校园和育荣校园党建、资产管理、财经、教学、学生管理服务等工作。

保卫处（部）主要负责学校安全稳定和校园治安综合治理办公室工作；负责大型活动和重要人员来校的安全警卫工作；负责消防安全、交通安全管理；负责防范和处理邪教问题、国家安全和政治保卫工作；负责集体户口管理和相关服务工作；负责法制宣传和安全教育工作；负责监督、检查和指导基层单位的安全稳定工作。

校医院主要负责在校学生日常门诊、入学体检、传染病管理、计划免疫、严重精神障碍患者管理等医疗服务；职工的日常门诊、健康体检、、慢性病管理、传染病管理、计划免疫、妇幼保健等医疗服务：社区居民的日常门诊和14项国家基本公共卫生服务；学校大型活动保健；实验小学、幼儿园的计划免疫和传染病管理工作等。

餐饮服务中心主要负责北京校区各校园师生食堂、餐饮店、水果店、咖啡馆等餐饮统筹管理服务工作。

物业管理中心主要负责北京校区各校园教室（不含室内教学设备设施）、办公楼、学生宿舍和家属区楼宇物业管理与服务等工作。

接待服务中心主要负责北京校区兰蕙公寓、励耘学苑、新松公寓、专家楼等楼内客房运维，学校车队、商超（不含餐饮部分）等便民服务工作。